De Johanna W.A. Naberprijs werd in 1989 ingesteld door de Stichting Jaarboek voor Vrouwengeschiedenis met de bedoeling het onderzoek op het gebied van vrouwengeschiedenis te bevorderen. De prijs en de naam werden bedacht door Francisca de Haan, toenmalig redactielid van het Jaarboek voor vrouwengeschiedenis. Johanna Wilhelmina Antoinette Naber (1859-1941) was schrijfsters van talrijke historische studies en één van de oprichtsters van het Internationaal Archief voor de Vrouwenbeweging in 1935.
In 2000 werd de organisatie van de prijs overgenomen door de VVG en het toenmalige IIAV, sinds 2013 Atria, kennisinstituut voor emancipatie en vrouwengeschiedenis.
Met ingang van 2011 is de Johanna W.A. Naberprijs een jaarlijkse prijs geworden voor Nederlandse en Vlaamse afstudeerscripties (master niveau, doctoraal scriptie of licentie-verhandeling) op het gebied van vrouwen- en gendergeschiedenis.